A teljes ásványgyűjteményünk mintegy 70%-át ez a gyűjteményrész teszi ki. A mai Magyarország területéről ez a legteljesebb kollekció az országban, s így az egész világon is. Az anyag tudományos értékét a következők fejezik ki a legjobban:

• A példányok hozzávetőleg 750 lelőhelyet képviselnek az ország minden szögletéből.
• A mintegy 720, Magyarország területén eddig kimutatott ásványból kb. 650 van jelen a gyűjteményben. Ebből mintegy 300 olyan található, melynek első, műszeres vizsgálatokkal alátámasztott, hiteles példányai nálunk találhatók meg.
• A gyűjtemény példányain – dokumentálás és/vagy kutatás céljából – tízezres nagyságrendű műszeres vizsgálat készült.
• A teljes gyűjtemény számítógépes nyilvántartásban van, gyors keresési lehetőséget biztosítva az ásványfajok, lelőhelyek, hegységek, országok, gyűjtők, adományozók között.

A teljes gyűjteményt kompakt fémszekrény-rendszerben tároljuk. A példányokat hegységenként, azon belül pedig lelőhelyük szerint csoportosítottuk. A nagy példányszámú lelőhelyeknél fajok vagy ásványosztályok szerinti sorrend van. Kiemelkedő sorozatokkal rendelkezünk a rudabányai, a gyöngyösoroszi, a nagybörzsönyi érctelepekből, a mecseki uránérctelepből és a bakonyi mangánérctelepekből. Sok példánnyal képviselt a dunabogdányi, erdőbényei, uzsai, kisnánai és tállyai kőfejtők anyaga. A hegységek között nehéz kiemelni bármelyiket is, de talán a legteljesebbnek a tokaji-hegységi, a budai-hegységi, a soproni-hegységi, a bükki és a mátrai anyagunk mondható. A magyarországi gyűjteményrész az utóbbi két évtizedben egy jelentős vásárlással és egy értékes adománnyal gyarapodott. 2000-ben megvásároltuk Klaj Sándor pécsi ásványgyűjtő ritka hazai ásványokban gazdag, mintegy 300 darabos kollekcióját, 2017-ben pedig Körmendy Regina budapesti ásványgyűjtő több ezer darabos ásványgyűjteménye került ajándékként hozzánk.