A teljes gyűjtemény mintegy 10%-át alkotja. Kollekciónk azon darabjai kerülnek ide, melyek nem a Kárpát-Pannon régióból származnak, s így nincs értelme a darabokat lelőhelyük szerint tárolni, mivel sok lelőhely csak egy-egy tétellel képviselteti magát. Így ezek tárolását ásványrendszertani alapon végezzük. Ezt a gyűjteményrészt részben a kutatásainkhoz szükséges összehasonlító anyagként használjuk, részben egyes tematikus kiállítások létrehozásában is szerepet kapnak. Mivel a másik két gyűjteményrész fejlesztése anyagi forrásainkat teljesen felemészti, rendszertani gyűjteményünk csere és ajándékozás révén fejlődik. 

Értékes részei ennek a gyűjteménynek azok a régi – a 19. század közepétől 1920-ig terjedő időszakban előkerült – példányok, melyeket tulajdonképpen „megörököltünk” olyan gyűjteményekből, ahol a biztonságos tárolás feltételei az adott időszakban nem voltak meg. Közöttük legbecsesebb a korábban a pécsi Janus Pannonius Múzeumban őrzött rendszertani gyűjtemény. De értékesnek tartjuk a Budapesti Műszaki Egyetem és a régi alapítású középfokú iskolák gyűjtemény-maradványait is, melyek a tantervek drasztikus megváltozása (az ásványtan teljes háttérbe szorulása) miatt kerültek az illető intézménynél perifériára.